Гиллиан Флинн родилась в Канзасе, штат Миссури в семье преподавателей колледжа. Отец занимался киноведением, мать преподавала литературу. Собираясь стать криминальным репортером, Гиллиан закончила Канзасский университет по направлению журналистика и англоведение, позже получила еще одну ученую степень по журналистике в Северо-западном университете.
Два года Гиллиан Флинн писала тексты для торгового журнала в Калифорнии, затем переехала в Нью-Йорк и присоединилась к команде Entertainment Weekly в качестве кинокритика.
В 2006 году Флинн написала свой дебютный роман — «Острые предметы», который получил премию «Эдгара» от Ассоциации детективных писателей (впоследствии Флинн получит еще две награды). Канал HBO выкупил права на «Острые предметы» и снял одноименный сериал, главную роль в котором сыграла Эми Адамс. В 2015 вышла экранизация с Шерлиз Терон на вторую книгу Флинн, «Темные места» — бестселлер The New York Times 2009 года. Спустя три года был опубликован третий роман — «Исчезнувшая», экранизированный Дэвидом Финчером в 2014 году.
Сейчас Гиллиан Флинн живет в Чикаго и продолжает писать новые произведения.
Биографию подготовила Полина Сихарулидзе в рамках совместного проекта Букмейта и НИУ ВШЭ.