Estos sistemas de clasificación, con ligeras modificaciones, se utilizaron hasta el siglo XVII cuando John Ray (1628-1705) propone una subdivisión en grupos según la presencia o ausencia de algunas características externas. Este sistema es perfeccionado posteriormente por Carl von Linneo (1707-1778), considerado padre de la clasificación jerárquica. Linneo establecía una jerarquía en siete niveles: imperio, reino, clase, orden, género, especie y variedad.
En 1813, el botánico Agustín-Pyramus de Candolle acuña la palabra taxonomía para designar a las reglas de una clasificación, y se recuperan, con modificaciones, los niveles (a partir de ahora, llamados taxones) establecidos por Linneo.